全国治疗手足口病比较好的二级医院包括上海市肺科医院、上海市公共卫生临床中心、武汉市肺科医院、山东省公共卫生临床中心、首都医科大学附属北京佑安医院.榜单医院是博禾医院库基于复旦医院排行榜、省市卫健委、卫生部以及医院等级评级和当地影响力综合产生。上海市肺科医院是全国医院综合实力排行榜第45位、上海市公共卫生临床中心是全国结核病医院排行榜第4位、武汉市肺科医院是全国结核病医院排行榜第6位、山东省公共卫生临床中心是全国结核病医院排行榜第8位、首都医科大学附属北京佑安医院是华北区传染感染科医院排行榜第5位。
全国医院综合实力排行榜第45名:同济大学附属上海市肺科医院（上海市职业病防治院）创建1933年，现已发展成为集医疗、教学与科研功能为一体的现代化三级甲等专科教学医院，连年跻身全国医院排行榜百强。医院连续获得“上海市文明单位”称号。
全国结核病医院排行榜第4名:上海市（复旦大学附属）公共卫生临床中心（简称“公卫中心”）是复旦大学附属三级甲等医院、又名复旦大学附属中山医院南院；全国传染病医师进修教育培训基地、上海市疾病控制中心临床基地。
全国结核病医院排行榜第6名:武汉市结核病防治所成立于1950年，是武汉市卫生计生委员会直属集结核病预防控制与肺部疾病临床诊疗及科研教学培训为一体的医疗机构同时承担全省结核病临床诊疗规划和全市结核病防治规划的制订实施。
全国结核病医院排行榜第8名:山东省公共卫生临床中心为省属公立医院，由山东省胸科医院、济南市传染病医院整合组建，承担全省传染病和重大突发公共卫生事件医疗应急救治，临床医疗、医学教育、医学科研、预防保健和全省结核病预防控制等任务。
华北区传染感染科医院排行榜第5名:首都医科大学附属北京佑安医院是一家以感染、传染及急、慢性相关性疾病群体为主要服务对象和重点学科，集预防、医疗、保健、康复为一体的大型综合性医学中心。医院创建于1956年，占地面积52250平方米。
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