台州市妇幼保健院成立于1976年，前身是台州地区妇幼保健站，2013年9月实行撤所建院，成立了台州市妇幼保健院（台州市妇女儿童医院），作为全市唯一一家集预防、保健、医疗、健康教育为一体的市级专业妇幼保健机构，是全市妇幼保健业务技术指导中心，承担保障全市总人口三分之二的妇女、儿童健康的任务。

2016年5月，台州市政府与温州医科大学签署战略合作协议，台州市妇女儿童医院成为温州医科大学跨出温州地区合作建设的第一所直属附属医院，医院更名为温州医科大学附属台州妇女儿童医院，同时挂台州市妇幼保健院、温州医科大学附属第二医院台州院区、育英儿童医院台州院区牌子。医院新院区功能定位是以妇幼保健为核心，以临床技术为支撑，按照三位一体的模式围绕三个中心化建设体系，通过产后康复、新生儿保健和哺乳质量促进、青春期保健与临床有特色的孕期保健工作的有机结合，为广大妇女儿童提供一个覆盖整个生命周期、全方位的医疗保健服务。

新院区位于台州市椒江区，为台州市政府重点建设项目，定位为三级甲等现代化专科医院，总用地面积120亩，规划床位800张，其中一期建设总投资6亿多元，新建床位400张，建筑面积5.1万平方米，预计2017年9月份建成开业。截至目前，医院一期工程住院楼主体结构顺利封顶。