北京协和医院外科学系成立于协和建校之初，历经90余年，涌现出包括黄家驷、吴英恺、曾宪九等在内的众多医学大家及多位中国现代外科学的领军人物，技术力量雄厚，专科优势突出。外科学系包括基本外科、骨科、泌尿外科、神经外科、胸外科、心外科、血管外科、肝脏外科、乳腺外科、整形美容外科、肠外肠内营养科、麻醉科和重病医学科等13个科室，在职职工总数889人，两院院士2名，教授62名、副教授80名、主治医师132名；总床位数712张，18个病房单元；国家级临床重点专科7个、博士点8个、硕士点8个、博士生导师33名、硕士生导师61名，是国家住院医师规范化培训专业基地。在近5年复旦大学医院管理研究所公布的“中国最佳医院排行榜”及2015年北京大学国家医疗数据中心首届学科评估排行榜中，普通外科、骨科、泌尿外科、神经外科、胸外科、心外科、整形美容外科、麻醉科等科室名列前茅。